[공공뉴스=정혜진 기자] 최근 한진그룹 계열 저비용항공사(LCC)인 진에어가 면허취소 고비를 간신히 넘겼지만 이번엔 특별세무조사라는 암초에 직면했다.

20일 진에어에 따르면, 국세청은 이날 서울 강서구 진에어 본사에서 특별세무조사에 착수했다.

이번 조사는 서울지방국세청 조사4국이 투입됐으며 일반적인 정기세무조사가 아닌 특별세무조사인 것으로 전해졌다. 일각에서는 조양호 한진그룹 회장 등 총수일가를 겨냥한 것이라는 관측이 나온다.

앞서 조 회장의 셋째 딸인 조현민 전 대한항공 전무는 미국 국적자면서도 지난 2010년 3월부터 2016년 3월까지 불법으로 진에어 등기이사로 재직한 사실이 알려지면서 논란이 일었다.

이 과정에서 진에어는 상반기에 조 전 전무에게 총 8억7400만원의 급여와 퇴직금을 지급했다.

이와 함께 한진 총수일가는 면세품 중개업체를 운영해 부당이득을 챙겼다는 의혹을 받고 있다. 특히 관련 수익의 세금을 내지 않아 탈세를 저질렀다는 지적도 제기되고 있는 상황.

대한항공은 기내 면세품 중 상당 부분을 면세품 수입업체에서 직접 공급받는 대신 중개업체인 미호인터내셔널을 거쳐 납품받았다. 미호인터내셔널은 통행세를 받았고 이렇게 발생한 이득은 한진가로 다시 넘어갔다는 의혹이 제기되고 있다.

이와 관련, 미호인터내셔널은 조 회장의 부인인 이명희 전 일우재단 이사장과 조현아 전 대한항공 부사장, 조 전 전무, 조원태 대한항공 사장 등이 공동대표를 맡고 있다.

국세청은 조 전 전무에 대한 보수 지급의 적법성, 면세품 중개업체를 통한 부당 이득 등을 집중적으로 살피고 있는 것으로 전해졌다.

한편, 진에어는 외국인 불법 등기이사 재직 논란 등으로 항공운송사업 면허취소 위기에 내몰렸으나 17일 국토교통부(이하 국토부)가 진에어의 면허를 유지하기로 결정하면서 가까스로 위기를 모면한 상태였다.

이에 국토부는 면허취소로 인한 근로자 고용불안과 소비자 불편, 소액주주 손실 등 부정적인 영향이 크다는 자문회의 의견을 반영한 결과라고 설명한 바 있다.

그러나 면허 유지 발표 이후 국세청이 진에어를 상대로 특별세무조사에 나서면서 진에어의 위기감이 고조되고 있는 상황이다.